Для полной очистки базы ILM выполняем следующие:

1. открываем SQL Query Analyzer и коннектимся к SQL серверу где расположена база MicrosoftIdentityIntegrationServer

2. выполняем следующий скрипт:

TRUNCATE TABLE MicrosoftIdentityIntegrationServer.dbo.mms_connectorspace; 
TRUNCATE TABLE MicrosoftIdentityIntegrationServer.dbo.mms_cs_link; 
TRUNCATE TABLE MicrosoftIdentityIntegrationServer.dbo.mms_csmv_link; 
TRUNCATE TABLE MicrosoftIdentityIntegrationServer.dbo.mms_joiner_log; 
TRUNCATE TABLE MicrosoftIdentityIntegrationServer.dbo.mms_metaverse; 
TRUNCATE TABLE MicrosoftIdentityIntegrationServer.dbo.mms_metaverse_lineagedate; 
TRUNCATE TABLE MicrosoftIdentityIntegrationServer.dbo.mms_metaverse_lineageguid; 
TRUNCATE TABLE MicrosoftIdentityIntegrationServer.dbo.mms_metaverse_multivalue; 
TRUNCATE TABLE MicrosoftIdentityIntegrationServer.dbo.mms_mv_link; 
TRUNCATE TABLE MicrosoftIdentityIntegrationServer.dbo.mms_run_history; 
TRUNCATE TABLE MicrosoftIdentityIntegrationServer.dbo.mms_step_history; 
TRUNCATE TABLE MicrosoftIdentityIntegrationServer.dbo.mms_step_object_details; 
TRUNCATE TABLE MicrosoftIdentityIntegrationServer.dbo.mms_tracking_entries; 
TRUNCATE TABLE MicrosoftIdentityIntegrationServer.dbo.mms_tracking_entries_history; 

3. рестарт службы MIIS Service.

После  таких действий очистится вся база включая логи, конфигурация же останется без изменений.